L’église abrite deux orgues. Au-dessus de l’entrée de l’église, se trouve le grand Orgue construit en 1897 par E.F. Walcker de Ludwigsburg. Il a été modifié à plusieurs reprises. Il a été classé monument historique et fut restauré en 1993, il est le plus grand orgue symphonique d’Alsace.

Un autre orgue, dit de chœur, se trouve dans la loge impériale, construit par le facteur d’orgue franc-comtois Marc Garnier a été installé dans l’ancienne loge impériale en 1976. Il a été fabriqué sur le modèle des orgues de la haute Allemagne de la fin du XVIIe siècle.  Il a été conçu spécia­lement pour accompagner les cho­rals et les psaumes et interpréter la musique antique des 16e et 17e siècles.

​Les vitraux des parties orientales sont détruits lors des bombardements américains de 1944 – de même qu’une chapelle annexe -, excepté dans la partie sud où sont représentés les blasons des anciens Länder (territoires) de l’empire allemand. Sur 28, il en reste 7. Éric de Saussure, de la communauté de Taizé, est l’auteur de cinq nouveaux vitraux figuratifs, installés dans le chœur par le maître verrier Werlé de Haguenau en 1954.